Археологически фонд – съдържа движими културни ценности, датирани в периода VI-то хил. пр. Хр. – ХVІІІ в., открити при археологически проучвания на територията на София и Софийско.

Нумизматичният фонд съдържа над 6 500 бр. монети и банкноти от различни исторически периоди, както и всички емисии монети от Освобождението до днес. Интерес представляват монетите, върху които присъства и името на античния град – CEPΔΩΝ или ΟΥΛΠΙΑС СΕΡΔΙΚΗС.

Най-многобройни в Историко-етнографския фонд са колекциите, които представят градската култура от края на ХІХ в. до наши дни – превозни средства и мебели, облекла и аксесоари, домашна посуда, часовници, детски играчки, занаятчийски и домашни инструменти, предмети от царския дворец в София. Съхраняват се и предмети, свързани с живота и дейността на видни софийски личности.

Художествената сбирка се състои от произведения, показващи София през погледа на творци от различни епохи. Към нея се отнася и колекцията от икони и стенописи от Софийската Мала света гора.

Снимков фонд – богата колекция с повече от 8 000 оригинални фотографии на София и софиянци от Възраждането до средата на ХХ в. Те са ценно свидетелство за промяната в облика на града, за важни обществени събития, за облеклото и стила на живот на столичани.

Фонд "Документи" съхранява значими материали за развитието на столицата – правилници, наредби, покани за официални събития, архитектурни скици, афиши и други от Освобождението до средата на ХХ в. Тук се пази и Боянският поменик.

Фонд "Най-нова история" включва документи и вещи от периода след Втората световна война до днес. Тук се пази "Златната книга на София", в която са записани впечатленията на видни личности, официални гости на столичния град.